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La historia comienza el 28 de julio de 2010. Dos miembros del Instituto de Investigación Future Props, Rintaro Okabe y Shiina, fueron al Akihabara Broadcasting Hall para participar en la presentación de la teoría del viaje en el tiempo del Dr. Nakaba, y conocieron a la chica genio Makase Hongliqi, quien publicó un artículo en una revista científica cuando ella tenía 18 años trabajos académicos. Poco después de la conferencia de prensa, Okabe encontró a Hong Liqi tirado en un charco de sangre en lo profundo del octavo piso del club. Presa del pánico, inmediatamente abandonó el club con Mayu y envió un correo electrónico a otro miembro del club, Hashida Shita, informándole del incidente. Sin embargo, en el momento posterior a la transmisión, Okabe se sorprendió al descubrir que la multitud en la calle había desaparecido y que la sala de transmisión y sus alrededores habían estado bloqueados durante mucho tiempo debido a la caída de un satélite desconocido. Nadie recuerda lo que pasó.

Unas horas más tarde, Okabe y Azhi se encontraron nuevamente con Hong Liqi en la conferencia universitaria, provocando un disturbio. Hong Liqi, que estaba interesado en las palabras de Okabe y fue al Instituto de Investigación Future Props, vio el experimento de Okabe. ¡Una serie de investigaciones reveló que el correo electrónico que Okabe envió se recibió hace una semana! El futuro accesorio número 8 "Horno microondas telefónico (provisional)" desarrollado por el "Future Prop Research Institute" en realidad tiene la función de enviar correos electrónicos a la máquina del tiempo en el pasado. En este momento, todavía no saben que el invento de Okabe y los correos electrónicos que envió ya han afectado el futuro del mundo entero...