El escuadrón de la muerte que asesinó a Heydrich murió heroicamente.

Debido al motín de dos paracaidistas checoslovacos capturados, la Gestapo conoció los nombres, rangos, detalles del ataque, algunos documentos e información sobre las armas de los atacantes, y utilizó esto como pista para rastrearlos.

Unos días después del exitoso asesinato, siete paracaidistas escondidos se reunieron para planificar una retirada segura. El lugar de encuentro que eligieron fue una iglesia en Praga. Sin embargo, sus movimientos fueron aprendidos por la Gestapo que los seguía.

El 18 de junio de 1942, el ejército alemán rodeó la iglesia y 7 paracaidistas la custodiaron durante 14 horas. Lucharon contra sus enemigos a muerte detrás de las paredes, en salas de oración y confesionarios. Los alemanes atacaron con metralletas y lanzallamas. Durante la batalla, tres paracaidistas, Opaka, Kubis y Swartz, murieron uno tras otro.

Después de ocupar el edificio de tierra de la iglesia, los alemanes comenzaron a atacar a los cuatro paracaidistas restantes. Cuatro paracaidistas, Waltz, Bupoli, Ja Bychik y Hrub, se escondieron en el sótano de la iglesia. Cuando los alemanes atacaron el sótano, mataron a muchos enemigos en el túnel de entrada del sótano. Los alemanes abrieron las piedras superiores de los escalones de entrada y enviaron más hombres para intentar capturar el sótano, pero fueron fácilmente repelidos por los paracaidistas. Desesperado, el ejército alemán primero soltó el agua y luego la fumó, pero los paracaidistas se desplomaron una y otra vez. Al final, los paracaidistas se quedaron sin balas de metralleta y los cuatro se suicidaron tomando veneno.

Durante toda la batalla para capturar la iglesia, 14 alemanes murieron y 21 resultaron heridos. Después de la victoria de la Guerra Antifascista, el gobierno checoslovaco construyó un monumento a las víctimas del asesinato para conmemorar sus grandes logros.