La introducción a la trama de Phantom Pokémon Mastermind
Xiaozhi, Xiaogang, Xiaoyao y Xiaosheng fueron invitados al laboratorio del profesor Jung (Dr. Yung). En la sala de investigación, Xiaozhi se sorprendió al descubrir que Xiaoxia y el Dr. Oak también estaban invitados aquí. El profesor Jung aparece y les muestra algunos "Pokémon fantasma", e invita a Misty a elegir uno contra el que luchar. Starfish de Misty lucha contra un Phantom Boss Cordora. Se sorprendió al ver que ninguno de los ataques más poderosos de Starfish tuvo ningún efecto sobre el Pokémon de bienvenida, y Starfish fue rápidamente derrotado. Cuando Xiaozhi se estaba preparando para pelear, descubrió que Boss Cordora de repente dejó de moverse. El sistema Pokémon Fantasma del profesor Jung parecía tener una anomalía y el controlador explotó en su mano. Aparecieron algunos Pokémon antiguos, y un extraño que se hacía llamar Mirage Master usó el sistema de espejismos hace un momento para secuestrar al Dr. Oak y al profesor Jung. El laboratorio del profesor Jung estaba ocupado por Pokémon fantasmas, y Xiaozhi y su grupo no pudieron regresar al interior.
El Dr. Oak, que estaba bajo el control del cerebro fantasma, preguntó dónde estaba el profesor Jung. Pero el cerebro fantasma ignoró su solicitud y ordenó al Dr. Oak que entregara la contraseña al Instituto de Investigación Oak, pero el Dr. Oak se negó. En ese momento, llegó un sueño. Mew es atacado cuando el Dr. Oak lo saluda. El médico le preguntó al cerebro fantasma por qué hizo esto. El cerebro fantasma dijo que Mew era simplemente un trabajo fallido y le ordenó a Mew que se fuera.
A Xiaozhi, Xiaoxia, Xiaogang, Xiaoyao y Xiaosheng se les ocurrió un plan: Xiaozhi y Xiaoxia cruzaron silenciosamente el foso, Xiaogang acudió a la señorita Junsha en busca de ayuda, Xiaoyao y Xiaosheng Él es responsable de apoyar a Xiaozhi y Xiaoxia. afuera. El grupo de personas comenzó a dividirse y Xiaozhi y Xiaoxia partieron usando soldados langosta y estrellas de mar.
Para robar los planos del sistema Phantom, el Equipo Rocket deambuló por el instituto de investigación. Cuando Ash y Misty los conocieron, el Equipo Rocket leyó sus líneas nuevamente, y Phantom Mastermind, que había presenciado todo desde la cámara, envió al Pokémon Fantasma. El Equipo Rocket fue rápidamente derrotado por el Pokémon fantasma, y Ash, Misty y Pikachu quedaron atrapados por dos monstruos fantasmas y un oso circular fantasma. Mew aparece justo cuando los tres están a punto de ser capturados y llevados por el Pokémon Fantasma. Pikachu usó cien mil voltios para romper la pared del laboratorio, lo que envió una señal a Xiaoyao y Xiaosheng. Xiaoyao entró corriendo al instituto de investigación y le pidió a Xiaosheng que esperara donde estaba. Pikachu usó una descarga eléctrica para liberarse de los grilletes del enemigo. En el caos, Xiaoxia cayó debajo del puente y Pikachu fue atrapado nuevamente, dejando solo a Xiaozhi y Mew. Desafortunadamente, Mew quedó atrapado por un dispositivo fantasma. Xiaozhi hizo todo lo posible para rescatar a Mew y descubrió que Mew era un Pokémon fantasma.
El cerebro fantasma puso a Pikachu en un dispositivo terrible. El Dr. Oak le preguntó al cerebro fantasma qué estaba haciendo. El cerebro fantasma dijo que quería obtener datos de la memoria de Pikachu, y dijo que si el Dr. Oak cooperó. Esto no se hará. El proceso de extracción de recuerdos le trajo un gran dolor a Pikachu. Lo que surgió de la memoria de Pikachu fueron Lugia, Entei, Celebi, Latios, Latias... estos eran todos los Pokémon legendarios que Pikachu había visto antes. El Dr. Oak no pudo soportar el dolor continuo de Pikachu, por lo que le dijo al cerebro fantasma la contraseña REDGREEN. El cerebro fantasma obtuvo la capacidad de descargar datos de todo el mundo, el Dr. Kongmu, el Dr. Odamaki y la señorita Joy de los centros Pokémon de todo el mundo se sorprendieron al descubrir que sus datos habían sido robados.
En ese momento, Xiaogang informó a la señorita Junsha de la situación y se apresuró a regresar al instituto de investigación.
La caída Xiaoxia tuvo la suerte de colgarse de un puente. Justo cuando estaba a punto de usar todas sus fuerzas, Xiaoyao apareció a tiempo para salvarla. Los dos caminaron juntos hasta la cima del instituto de investigación. Xiaozhi y Mew ya estaban allí. Phantom Mastermind anunció frente a ellos que usaría los datos recopilados para crear el Pokémon Fantasma más fuerte. Con un destello de luz, apareció un Mewtwo fantasma. Bajo las órdenes de Phantom Mastermind, Phantom Mewtwo lanzó un ataque contra Xiaozhi y su grupo.
Xiaozhi y otros escaparon desesperadamente fuera del alcance del sistema fantasma. Justo cuando todos pensaban que era seguro, se lanzaron varios misiles desde el instituto de investigación y ampliaron el alcance del sistema fantasma. Mewtwo y Phantom Mastermind salieron del instituto de investigación. Phantom Mastermind también convocó a Phantom Flame Emperor, Frozen Bird y Lightning Bird, y declaró que el Phantom System conquistaría el mundo. El Dr. Oak reveló la identidad del cerebro fantasma. ¡El cerebro fantasma se quitó la máscara y resultó que era el profesor Jung! El Dr. Oak dijo que el cerebro fantasma que apareció por primera vez era solo un holograma, y les dijo a todos que el profesor Jung fue expulsado de la Asociación Pokémon debido a sus teorías egoístas y su falta de amor por los Pokémon. El profesor Jung ordenó a Mewtwo y otros Pokémon legendarios que lucharan contra Xiaozhi y su grupo. El Pokémon fantasma suprimió por completo a los Pokémon de Xiaozhi y otros. Cuando Pikachu estaba a punto de perder su capacidad de lucha, Mew apareció y rescató a Pikachu. El enojado profesor Jung le pidió a Mewtwo que eliminara por completo a Mew. Los fragmentos de datos de Mew que fue asesinado por Mewtwo fueron absorbidos por el sistema Phantom. El Dr. Rong le pidió a Chaomeng que absorbiera los datos de toda la base de datos del sistema fantasma y una vez más le pidió a Chaomeng que atacara a Xiaozhi y su grupo.
El Equipo Rocket quedó impresionado en la batalla, y justo cuando Mewtwo estaba a punto de darle a Pikachu el golpe final, ¡Mew sometió a Mewtwo! Mew le pidió a Xiaozhi que derribara a Mewtwo mientras lo sujetaba. Después de muchas dudas, Xiaozhi finalmente le pidió a Pikachu que usara una descarga eléctrica de alto voltaje. Los sistemas de Mewtwo, Mew y Phantom fueron destruidos. El instituto empezó a arder, pero el profesor Jung se metió dentro. Ni la policía ni los bomberos lo encontraron.
El Dr. Oak dijo que los sueños no son datos, sino que tienen corazones reales. Xiaozhi se despidió de los sueños en el cielo...