La sinopsis de la trama de Godzilla: Verdadero vs. Falso
Después de que Godzilla desapareció en la montaña Miyuan, los restos de Super. El asesino a sueldo SSS9 lo robó. Sharadia, país petrolero de Oriente Medio, planea utilizar el poder de autorregeneración de las células de Godzilla para crear trigo que pueda crecer en el desierto. Sin embargo, las empresas de biotecnología explotan conjuntamente el laboratorio de Sharadia, destruyendo las células G y también el huésped del Dr. Shirakami. Su hija Eriga murió en el proyecto y el Dr. Shirakami regresó tristemente a Japón.
Cinco años después, la actividad volcánica en el Monte Mihara se volvió más activa. El superpoder de la niña Miki Saegusa llevó al gobierno a descubrir que Godzilla estaba nuevamente activo. Se sacaron células de Godzilla del almacén para estudiar las bacterias nucleófagas (ANB), y el Dr. Shirakami también participó en este proyecto. Hace cinco años, para salvar la vida de su hija, Shirakami fusionó las células de Eriga con células de rosa. Ahora quiere salvar estas rosas, por lo que secretamente agrega células de Godzilla a las células de rosa.
La Biotechnology Enterprise Alliance envió personas al laboratorio del Dr. Shirakami para robar ANB, pero fueron derrotados por SSS9. De repente los tres de SSS9 fueron atacados por algo con tentáculos. La gente del instituto conjunto fue asesinada y SSS9 escapó. Unos días después, apareció Biollante, una criatura gigante del lago Ashi, que combina células de humanos, rosas y Godzilla.
Después de que se completó el ANB, las empresas de biotecnología amenazaron conjuntamente con usar explosivos para hacer que Godzilla emergiera del volcán si no se les entregaba el ANB. Justo cuando el gobierno y la alianza estaban haciendo tratos, apareció la emboscada SSS9 y arrebató el ANB y los detonadores. Godzilla fue liberado del Monte Mihara y se dirigió hacia la Bahía de Tokio.
Godzilla fue interceptado por el Super X2 en el estrecho de Uraga. Equipado con un reflector que refleja el calor del monstruo, Super X2 daña gravemente a Godzilla. Pero Godzilla atacó ferozmente, provocando finalmente que el reflector se derritiera y Super X2 perdiera el control. En este punto, Godzilla siente a Biollante, por lo que gira hacia el lago Ashi. Godzilla derrota fácilmente a Biollante, prendiéndole fuego y enviando cenizas al cielo. Después de una batalla, el ANB inyectado en el cuerpo de Godzilla surtió efecto. Godzilla, cuya fuerza estaba obviamente debilitada, caminó torpemente hacia el mar y hacia un futuro incierto.