La historia de "Charlotte's Trouble" tiene lugar en Star Sea Academy. En la superficie, Yuyu Esaka (con la voz de Uchiyama Aoji) es solo un chico común y corriente, pero de hecho, tiene la habilidad de hacerlo. superpoder para apoderarse de los cuerpos de otras personas.
Durante muchos años, Esaka ha confiado en sus superpoderes para vivir. Pensó que su vida pacífica continuaría en el nuevo campus, pero una chica llamada Yuuki Nao (con la voz de Ayane Sakura)... aparece antes. a él.
Nono también es portadora de superpoderes. Puede hacer invisibles a personas específicas. Además, está Takagi Joushiro (con la voz de Mizushima Daisuke), que puede teletransportarse, y el ídolo escolar Kuroba Yuzu (con la voz de Uchida Mari), que puede convocar a su hermana muerta Kuroba Misako (con la voz de Uchida Mari).
Atraídas por una fuerza desconocida, estas chicas se unieron y la rueda del destino comenzó a girar.